Biệt Đội Biển Xanh - Deep xoay quanh câu chuyện vào năm 2100, khi loài người từ bỏ trái đất, một đàn sinh vật ngông cuồng vẫn sinh sôi nảy nở ở vực sâu nhất của đại dương. Deep, một con bạch tuộc "dumbo" thích phiêu lưu và là con cuối cùng của đồng loại sống ở đó cùng hai người bạn: Evo, một con cá vụng về, ngớ ngẩn, và Alice, một con tôm biển sâu bị loạn thần kinh. Khi một tai nạn phá hủy ngôi nhà của họ, họ bắt đầu một cuộc hành trình đầy nguy hiểm để tìm một ngôi nhà mới.