Bộ phim lấy bối cảnh hai năm sau sự kiện trong Final Fantasy VII tại thành phố Edge. Cloud Strife làm nghề chuyển phát còn Tifa Lockhart thì lo chăm sóc cho 2 đứa trẻ, một là con gái nuôi của Barret nhờ trông nom hộ. Trong thành phố bỗng nhiên xuất hiện một căn bệnh lạ được gọi là Geostigma, nó làm cho người thường bị biến dạng và Cloud được triệu tập để thuê tìm ra nguyên nhân gây ra căn bệnh này.