Yu-Gi-Oh! kể về Muto Yugi, một học sinh trường Domino có tính cách nhút nhát, hiền lành. Cậu là cháu nội của Muto Sugoroku. Trước đây, ông cậu vốn là một kiện tướng chơi trò chơi cực kì xuất sắc. Từ nhỏ, ông của Yugi đã dạy cậu chơi các trò chơi, và ông còn cho cậu một bộ xếp hình. Trong khoảng gần bảy năm, cậu đã tìm tòi để lắp ráp thành Trò chơi Ngàn năm (Bộ ghép hình Ngàn Năm). Nhưng cậu đã không thể hoàn thành được vì mảnh chính của trò chơi bị Jonouchi Katsuya chơi xỏ, ném xuống nước. Sau đó, cảm kích vì Yugi đã bảo vệ mình trong một lần bị đội trưởng đội kỉ luật có tính cách du côn đánh, họ trở thành bạn của nhau. Jonouchi lặn xuống nước và lấy lại mảnh chính đưa cho ông nội Yugi.